真空爐呈現故障常常是因為冷卻體系出問題，冷卻體系是真空爐的重要部分。冷卻水路應保持暢透，否則水溫升高形成停機。這是真空爐工作時常披忽視的問題當無人管理時可能會導致真空爐的嚴重破壞。
用生物分化化學輔助辦法處理冷卻水，意圖是保持礦物質呈懸浮態，減少橡皮管、蛇形管和水套內沉淀物累積，以使水流疏通。這一般采用一種主動裝置來完結，它能夠監測水的導電性，主動彌補化學劑，沖冼水路，增加新鮮水。與隸屬蒸氣過濾體系配合，這種辦法還能夠保證水的pH值操控，防止在冷卻水體系中多余礦物質堆積。在體系工作安穩后，至少應每月一次進行水質實驗以防過處理或欠過理。
真空爐外殼和熱交換器資料的實驗樣品也應放在水路體系中，每年做一次分量損失檢驗以查看處理的效果。對分散泵的蛇形管冷卻器有必要特別注意。應該常常查看。如果阻塞了，分散泵將會過熱并喪失功用，并且還進一步引起分散泵加熱器焚毀，形成昂貴的、費時的修補。當蛇形冷卻水管阻塞時，將水路同水源斷開，排水并用壓縮空氣吹通或用稀醋酸溶液沖洗。
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