由于石墨坩堝有著容積相對密度大、耐熱、熱傳導快、耐腐蝕、耐高溫抗壓強度大、耐熱功用高等特性，因而，在運用全過程中在所難免用于避免腐蝕化學物質。盡管石墨坩堝具有抑酸抗堿底漆的工作能力，但是針對某些原材料的提練，在坩堝運用之后的鏟除工作中卻很不方便。
石墨坩堝的清洗主要是將坩堝內的化合物鏟除出去，隨后開始清理，人們必須根據石墨坩堝內的殘留化學物質是什么來清理，一般石墨坩堝上的附屬物是無機物點著后的剩余，人們能夠運用硫酸來打開鏟除，大部分全是能夠溶的，某些帶有碳成份的殘留，運用硫酸是不能溶解的，這時候能夠運用氰化鈉打開清理，由于氰化鈉具有強氧化性，在清理時還能夠適度加溫。
針對這些鏟除的化學物質，能夠在稀鹽酸或稀硝酸內燒開特別注意常用的硫酸中不可帶有氰化鈉，磷酸鹽，鹵素等你還原劑。要是稀硝酸尚不可以清洗時，則用焦硫酸鉀，碳酸鈉或硼砂熔熔清理。
石墨坩堝有必要清潔，內外應亮堂，歷經長時間炙烤后，坩堝外表將會黯然無光，日久必深層次到內部導致坩堝靈敏裂開，因而必需清晰不清理之物。如仍有六點或表層發烏，則用根據150篩目地無尖利菱角的細砂，自來水潤打開輕輕地磨擦，使表層回應光澤度。
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