真空爐呈現故障常常是因為冷卻體系出問題，冷卻體系是真空爐的重要部分。冷卻水路應堅持暢透，否則水溫升高形成停機。這是真空爐工作經常披忽視的問題當無人管理時可能會導致真空爐的嚴重毀壞。
用生物分解化學輔助辦法處理冷卻水，意圖是堅持礦物質呈懸浮態，削減橡皮管、蛇形管和水套內沉淀物累積，以使水流疏通。這一般選用一種自動裝置來完結，它能夠監測水的導電性，自動補充化學劑，沖冼水路，添加新鮮水。與隸屬蒸氣過濾體系配合，這種辦法還能夠確保水的pH值操控，避免在冷卻水體系中剩余礦物質沉積。在體系工作安穩后，至少應每月一次進行水質實驗以防過處理或欠過理。
真空爐外殼和熱交換器材料的實驗樣品也應放在水路體系中，每年做一次分量損失檢驗以檢查處理的作用。對分散泵的蛇形管冷卻器必須特別注意。應該經常檢查。如果堵塞了，分散泵將會過熱并喪失功用，并且還進一步引起分散泵加熱器燒毀，形成昂貴的、費時的修理。當蛇形冷卻水管堵塞時，將水路同水源斷開，排水并用壓縮空氣吹通或用稀醋酸溶液沖洗。
